Спирты обычно содержат другие спирты и родственные простые эфиры, альдегиды, кетоны и уксусную кислоту в качестве примесей. Это особенно характерно для спиртов с более длинной цепью. Тип и содержание примеси зависит от методов обработки и очистки, использованных в производстве промышленного сырья, от сырья для растворителя высокой чистоты и собственно от процесса получения высокочистого продукта.
Метанол часто содержит этанол, ацетон, формальдегид и ацетальдегид на уровне млрд-1 (частей на миллиард). Эти низкие содержания обычно не оказывают сколько-нибудь значительного влияния на хроматографические характеристики. МЭК часто присутствует в большем количестве, что проявляется смещением границы прозрачности в длинноволновую область. Хотя сейчас это не типично, раньше в высокочистом метаноле находили метиламин. Его присутствие придает метанолу характерный «рыбный» запах и может приводить к заметному изменению хроматографии основных аминов. Присутствие любого первичного амина представляет потенциальную проблему, если дериватизация аминов является частью анализа. В результате получается хотя бы один неотнесенный пик (или больше, когда метиламин представлен распределением замещенных соединений, то есть метил-, диметилзамещенные амины или с заместителями с большей длиной цепи, такими как этил или пропил).
Этанол - это особый случай. Высокочистый этанол (99,6%) труднодоступен для лабораторных нужд из-за жестких федеральных предписаний, высоких налогов и строгого учета, что ограничивает его применение. Следовательно, с целью получения этанола для ВЭЖХ, называемого денатуратом или реагентным спиртом, следовые содержания метанола и ИПС, оставшиеся после обработки, доводят до уровня 1-5% для каждого. В добавление к этому, в конечном продукте могут содержаться ацетон, формальдегид, ацетальдегид и следовые количества этилацетата, а также 9 процентная уксусная кислота. ИПС и НПС часто содержат изомеры бутанола, простые эфиры, альдегиды и кетоны в качестве примесей. Поскольку и ИПС, и НПС - довольно сильные растворители как для обращенно-фазовых, так и для нормально-фазовых разделений, столь низкое содержание этих примесей обычно не оказывает практического эффекта на процесс разделения. В то же время, влияние на границу прозрачности и на зависимость поглощения от длины волны может быть значительным.
Бутанолы часто содержат как примеси целый ряд других спиртов, алкены, кетоны, альдегиды, простые эфиры и уксусную кислоту. Некоторые изомерные формы бутанола имеют близкие температуры кипения, что делает их получение в виде высокочистых растворителей затруднительным, а конечный продукт дорогим. Хотя и не часто используемый для жидкостной хроматографии 2-бутанол растворим в воде примерно до 20%, и вода растворима в 2-бутаноле почти до 40%. В силу их смешиваемости с множеством органических растворителей и высокой растворимости в воде, бутанолы могут служить вспомогательными растворителями для солюбилизации несмешивающихся водно-органических смесей. Высокая селективность достигается при использовании различных пространственных конфигураций бутанолов с разветвленной цепью.
Очевидно, что применение спиртов как компонентов подвижных фаз является крайне мощным способом разделения соединений, содержащих функциональные труппы - акцепторы (например, нитро- или карбоксильную группу) или доноры (например, гидроксильную группу) водородной связи. Такие разделения успешно проводятся как в обращенно-фазовом, так и в нормально-фазовом варианте. Однако при проведении количественного анализа следует принимать во внимание способ приготовления образца. Другой важный аспект применения спиртов - это их использование в качестве модификаторов подвижных фаз в сочетании с хиральными привитыми фазами в разделении энантиомеров.
Спирты проявляют уникальные хроматографические свойства при разделениях кислородсодержащих соединений, таких как фенолы, карбоновые кислоты, нитрозамещенные соединения, кетоны и альдегиды. Можно разделять даже смеси весьма сложного состава благодаря высокой селективности, которую спирты обеспечивают для этих соединений, активных при образовании водородной связи. Даже соединения, образующие слабую водородную связь, такие как хлорированные пестициды, можно успешно определять с использованием метанольных подвижных фаз. Добавление небольших количеств этилацетата, ТГФ, ацетонитрила (сильных акцепторов водородной связи) часто улучшает четкость пиков. Важно отметить, что метанол в качестве органической составляющей подвижной фазы можно эффективно использовать в системах с масс-спектрометрическим детектированием с ХИАД, термораспылением, ионизацией пучком частиц, электрораспылением.